Die Serie handelt vom Kampf gegen „Engel“ genannte Kreaturen unbekannter Herkunft, die die Menschheit angreifen. Ihnen werden von Jugendlichen gesteuerte Kampfmaschinen entgegengesetzt, die Evangelions. Mit fortschreitender Handlung werden zunehmend auch die psychischen Probleme der Charaktere thematisiert. Der Anime ist in die Genres Science-Fiction, Action und Mecha einzuordnen und enthält verschiedene Elemente aus Philosophie und Psychologie.