Anfang der 2050er Jahre entdecken Forscher eine neue Lebensform namens „Oracle Zellen“ oder später auch „Aragami“ welche sich auf unkontrollierte Art und Weise auf der Erde verbreitet und organische Materialien verzehrt. Ihre Fähigkeit sich durch gezielte Evolution an sich ändernde Bedingungen anzupassen und ihr Appetit treibt die Menschheit an den Rand der Vernichtung. Nachdem sich konventionelle Waffen gegen die Aragami als wirkungslos gezeigt haben, wurden sogenannte „God Arcs“entwickelt. Diese sind durch eine Verbindung mit Oracle Zellen lebendige Waffen, welche als einzige eine Wirkung gegen die Aragami zeigen. Die Handlung spielt 2071 als mit den God Arcs kompatible als „God Eater“ bezeichnete Kämpfer die Aragami bekämpfen um den verbliebenen Teil der Menschheit zu retten. Es geht um die Geschichte des jungen Protagonisten Lenka Utsugi, welcher den God Eatern beitritt.