Ghost in the Shell: ARISE ist zeitlich gesehen vor den bereits erschienenen GitS-Filmen und -Serien einzuordnen. Die Handlung dreht sich um politische Intrigen, Bestechung, illegalen Waffenhandel und Cyberterrorismus - im Zentrum stehen aber vor allem die Ereignisse, die zur Bildung von Sektion 9 in der letztendlichen Besetzung geführt haben. Zudem wird Motoko Kusanagis Vergangenheit beleuchtet.