Die Geschichte handelt von Medaka, dem stärksten Mädchen der Hanokiwa Academy, welches den Schulsprecherrat leitet. Die Schülerschaft kann 24 Stunden am Tag und 365 Tage im Jahr Wünsche und Beschwerden in die Vorschläge-Box einreichen, die Medaka eingeführt hat. Gemeinsam mit den Schülerratsmitgliedern Zenkichi, Akune und Kikaijima stellt sich Medaka den Herausforderungen in der Schule und versucht stets die Probleme der Schüler, welche oft von übernatürlicher Art sind und Kämpfe fordern, zu lösen.