Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki und Fuu Hououji sind drei recht unterschiedliche 14-jährige Schülerinnen verschiedener Schulen aus Tokio, die aufeinandertreffen, als ihre Klassen alle einen Ausflug zum Tokyo Tower machen. Dort werden sie von einem gleißenden Licht geblendet und finden sich ohne Erklärung in der Welt Cephiro wieder. Prinzessin Emeraude wurde von Zagato, ihrem ehemaligen Priester, entführt, doch ohne ihre Gebete ist Cephiro dem Untergang geweiht und nur die legendären Magic Knights können helfen. Unter Anleitung von Guru Clef und der Waffenschmiedin Presea stürzen sich Hikaru, Umi und Fuu ins Abenteuer, um die drei Machins (Runengötter) Rayearth, Selece und Windam zu erwecken. Doch auch Zagato hat Anhänger, die für ihn in die Schlacht ziehen, und am Ende ist nicht alles so, wie es zu Anfang scheint.