In der fernen Zukunft ist die Erde hochtechnisiert und die Raumfahrt weit entwickelt. Doch die Menschen sind bequem geworden, egoistisch und faul. Ein Computer bestimmt, wer welchen Wert in der Gesellschaft hat. Die Wenigen, die sich dem widersetzen und die Menschheit ohne eigene Initiative verkommen sehen, werden als Störenfriede bekämpft. So auch Captain Harlock, der als Pirat mit seinem Raumschiff Arcadia Unruhe stiftet. Zu seiner Mannschaft zählen die Navigatorin und Wissenschaftlerin Kei Yūki (有紀 蛍), die Außerirdische Mīme (ミーメ), der erste Maat und Modellbaufreak Yattaran, der Schiffsarzt Dr. Zero und viele andere, die sich von ihrem alten Leben auf der Erde verabschiedet haben.