Mutou Kazuki ist ein ganz normaler Schüler. Außer der Begebenheit, dass in seiner Brust ein Kakugane und kein Herz schlägt. Es fing alles mit dem Traum an, in dem er ein mysteriöses Mädchen vor einem Monster rettet. Nur dumm, dass er dabei von dem Monster aufgespießt wird. Das Mädchen bewundert seine Selbstlosigkeit und schenkt ihm ein neues Leben in Form des Kakugane, was von nun an in seiner Brust schlägt. Tsumura Tokiko, so der Name dieses Mädchens, ist eine Kriegerin, die auf der Jagd nach Humunculi ist. Humunculi sind menschenfressende Monster, die durch Alchemie erschaffen wurden. Um dieser Plage Herr zu werden, wurden Waffen mit der gleichen Alchemie hergestellt. Die sogenannten Busou Renkin. Mutou Kazuki ist jetzt auch im Besitz einer solchen Waffe. Aktiviert er das Kakugane, so erscheint das Busou Renkin. Zwar ist Tsumura Tokiko nicht so wirklich glücklich damit, aber beide müssen sich zusammenraufen, um der Humunculi Einhalt zu gebieten.